El ciudadano pakistaní Javaid Iqbal fue arrestado en Nueva York como parte de una redada posterior al 11 de septiembre por parte de funcionarios federales que tenía como objetivo a hombres árabes, entre otros. Estados Unidos detuvo a Iqbal, lo sometió a palizas, frecuentes registros corporales invasivos y otras formas de maltrato, y a menudo confiscó su Corán y prohibió su participación en las oraciones de los viernes. La NCLR tiene un gran interés en garantizar que todas las personas reciban la protección de las libertades civiles básicas garantizadas por la Constitución de los Estados Unidos, y está preocupada por el trato que el gobierno da a las personas, los objetivos raciales o étnicos y las violaciones de la libertad religiosa. NCLR se unió a un amicus brief en el que se opone a los esfuerzos del gobierno para dificultar que los demandantes de derechos civiles descubran información sobre altos funcionarios del gobierno que establecen y supervisan políticas que violan los derechos de las personas.
El 18 de mayo de 2009, la Corte Suprema falló 5-4 en contra de Iqbal. El juez Kennedy, en representación de la mayoría, sostuvo que los alegatos de Iqbal eran insuficientes para demostrar que el ex director del FBI Robert Mueller y el ex fiscal general John Ashcroft violaron los derechos constitucionales de los árabes estadounidenses detenidos después de los ataques del 11 de septiembre. Los demandantes deben alegar que cada funcionario del gobierno actuó de una manera que viola la Constitución ”, rechazando el enfoque defendido por la Campaña Nacional para Restaurar los Derechos Civiles y el Proyecto Nacional de Litigios de la Clínica Internacional de Derechos Humanos Allard K. Lowenstein en la Facultad de Derecho de Yale y derechos civiles grupos, incluido NCLR. Los funcionarios deben haber actuado con el propósito de discriminar por motivos de raza, religión u origen nacional, no por una razón neutral.
El juez Souter disintió, junto con los jueces Breyer, Ginsburg y Stevens, y dijo que a Iqbal se le debería haber permitido continuar con su caso. A continuación, el Tribunal de Apelaciones del Segundo Circuito decide si permite que Iqbal modifique su denuncia y comience de nuevo.