En enero de 2018, el Departamento de Salud y Servicios Humanos de EE. UU. (HHS) emitió una propuesta de reglamento federal que permitiría una discriminación generalizada en la prestación de atención médica en nombre de la libertad religiosa. La regla permitiría a los proveedores de atención médica negarse a tratar a alguien si su negativa se basa en una razón religiosa. NCLR presentó comentarios extensos oponiéndose a la regla, que sin embargo se emitió en forma final en mayo de 2019. Varias organizaciones y gobiernos estatales y locales demandaron al HHS para evitar que la regla entre en vigencia. NCLR presentó amicus briefs en el litigio impugnando la regla. La regla fue derogada en los tribunales. La Administración Trump apeló las órdenes que anulan la regla.

NCLR se asocia con la NCAA en la Iniciativa Common Ground para aumentar el diálogo en las universidades religiosas conservadoras sobre cómo la inclusión LGBTQ y el respeto por la religión pueden operar juntos para crear entornos más seguros, saludables e inclusivos para los estudiantes atletas y, por extensión, para todos los estudiantes.

NCLR, junto con otras organizaciones LGBTQ nacionales, es parte de un Grupo de Trabajo de Políticas Estatales que aborda la legislación estatal propuesta que afecta a las personas LGBTQ en todo el país. El grupo trabaja para apoyar a los defensores locales en la promoción de proyectos de ley para proteger a las personas LGBTQ de la discriminación en el empleo, la vivienda, los alojamientos públicos, la atención médica y otras áreas, y para permitir que las personas transgénero y no binarias obtengan cambios en los marcadores de género en los documentos de identidad.

El grupo también trabaja para detener las docenas de proyectos de ley hostiles contra las personas LGBTQ que se presentan en las legislaturas estatales cada año. Entre las leyes propuestas que han sido derrotadas con éxito se encuentran proyectos de ley que permitirían la discriminación contra las parejas del mismo sexo que se casan, crearían amplias exenciones religiosas a las protecciones de derechos civiles existentes, permitirían que las agencias de bienestar infantil afiliadas a una religión se negaran a colocar a los niños con parejas del mismo sexo. , prohíbe a las personas transgénero el uso de baños y otras instalaciones en función de su identidad de género, y priva a los jóvenes transgénero del acceso a atención médica que afirma el género y la participación en deportes escolares en función de su identidad de género.

Jane Doe presentó una queja sobre el Título IX ante la Universidad Estatal de Shawnee después de que la profesora Meriwether se negara a usar pronombres y honoríficos femeninos al referirse a Jane en clase. Cuando la universidad colocó una carta disciplinaria en su expediente personal, Meriwether demandó a la universidad alegando que la acción disciplinaria infringía su derecho de la Primera Enmienda a la libertad de expresión y el libre ejercicio de la religión, entre otras violaciones de la ley federal y estatal.

John Doe es un estudiante transgénero en West Point High School. A pesar de las reiteradas solicitudes, el profesor de francés de John, Peter Vlaming, se negó a utilizar pronombres masculinos al referirse a John. Vlaming fue despedido en diciembre de 2018 y posteriormente demandó a la Junta Escolar de West Point por presuntamente violar su derecho constitucional a la libertad de expresión y el libre ejercicio de la religión, entre otras afirmaciones.

En 2019, NCLR presentó cuatro amicus briefs en ocho demandas federales que impugnaban una regulación del Departamento de Salud y Servicios Humanos de EE. UU. Denominada "Protección de los derechos de conciencia estatutarios en la atención médica". La regulación de la Administración Trump, más acertadamente conocida como la regla de "denegación de atención", permitiría a los profesionales de la salud negar ciertos tratamientos o servicios médicos a los pacientes basándose en las creencias religiosas o morales del propio proveedor.

NCLR presentó un escrito de amicus en Minton contra Dignity Health, un caso presentado por Evan Minton, un hombre transgénero cuya histerectomía fue cancelada repentinamente por un hospital de Dignity Health debido a razones religiosas después de que el hospital se enteró de que el Sr. Minton era transgénero.

La Corte Suprema de los Estados Unidos falló en Fulton contra la ciudad de Filadelfia que la Ciudad de Filadelfia violó la Cláusula de Libre Ejercicio de la Primera Enmienda al no otorgar a Catholic Social Services (CSS) una exención de la disposición de no discriminación en los contratos de la ciudad, a pesar de que el contrato autorizaba exenciones y la Ciudad había otorgado exenciones a otros proveedores.