En enero de 2018, el Departamento de Salud y Servicios Humanos de EE. UU. (HHS) emitió una propuesta de reglamento federal que permitiría una discriminación generalizada en la prestación de atención médica en nombre de la libertad religiosa. La regla permitiría a los proveedores de atención médica negarse a tratar a alguien si su negativa se basa en una razón religiosa. NCLR presentó comentarios extensos oponiéndose a la regla, que sin embargo se emitió en forma final en mayo de 2019. Varias organizaciones y gobiernos estatales y locales demandaron al HHS para evitar que la regla entre en vigencia. NCLR presentó amicus briefs en el litigio impugnando la regla. La regla fue derogada en los tribunales. La Administración Trump apeló las órdenes que anulan la regla.

NCLR se asocia con la NCAA en la Iniciativa Common Ground para aumentar el diálogo en las universidades religiosas conservadoras sobre cómo la inclusión LGBTQ y el respeto por la religión pueden operar juntos para crear entornos más seguros, saludables e inclusivos para los estudiantes atletas y, por extensión, para todos los estudiantes.

NCLR, junto con otras organizaciones LGBTQ nacionales, es parte de un Grupo de Trabajo de Políticas Estatales que aborda la legislación estatal propuesta que afecta a las personas LGBTQ en todo el país. El grupo trabaja para apoyar a los defensores locales en la promoción de proyectos de ley para proteger a las personas LGBTQ de la discriminación en el empleo, la vivienda, los alojamientos públicos, la atención médica y otras áreas, y para permitir que las personas transgénero y no binarias obtengan cambios en los marcadores de género en los documentos de identidad.

El grupo también trabaja para detener las docenas de proyectos de ley hostiles contra las personas LGBTQ que se presentan en las legislaturas estatales cada año. Entre las leyes propuestas que han sido derrotadas con éxito se encuentran proyectos de ley que permitirían la discriminación contra las parejas del mismo sexo que se casan, crearían amplias exenciones religiosas a las protecciones de derechos civiles existentes, permitirían que las agencias de bienestar infantil afiliadas a una religión se negaran a colocar a los niños con parejas del mismo sexo. , prohíbe a las personas transgénero el uso de baños y otras instalaciones en función de su identidad de género, y priva a los jóvenes transgénero del acceso a atención médica que afirma el género y la participación en deportes escolares en función de su identidad de género.